農林水産省は、８月６日からの豪雨による農業関係の被害額を初めて発表した。それによると台風12号も含めた農林水産関係の被害は、９月12日午後４時現在で、総額1,150億円にのぼることが分かった。このうち水稲を中心とした農業被害の内訳は以下の通り。
| 農作物等 | 7,753ha | 20.5億円 | 北海道､秋田､新潟､富山､石川､島根､福岡､ 佐賀､長崎､熊本､宮崎､鹿児島（12道県） |
| 農業用ハウス | 233件 | 0.9億円 | 秋田､福岡､佐賀､熊本､宮崎､鹿児島（６県） |
| 農業用倉庫・ 処理加工施設等 | 7件 | 0.2億円 | 北海道､石川､島根､鹿児島（４道県） |
| 共同利用施設 | 22件 | 2.3億円 | 熊本､鹿児島（２県） |
| 農業・ 畜産用機械 | 5,921件 | 38.9億円 | 秋田､石川､福岡､佐賀､熊本､宮崎､鹿児島 （７県） |
| 農地 | 13,781か所 | 385.9億円 | 北海道､青森､岩手､秋田､山形､長野､静岡､ 新潟､富山､石川､三重､大阪､兵庫､和歌山､ 鳥取､島根､岡山､広島､山口､愛媛､福岡､佐賀､ 長崎､熊本､大分､宮崎､鹿児島（27道府県） |
| 農業用施設等 | 7,293か所 | 378.0億円 | 北海道､青森､岩手､秋田､山形､埼玉､長野､ 静岡､新潟､富山､石川､岐阜､三重､京都､兵庫､ 鳥取､島根､岡山､広島､山口､愛媛､福岡､佐賀､ 長崎､熊本､大分､宮崎､鹿児島（28道府県） |