農林水産省は10月9日、「令和8年（2026）梅雨前線豪雨から台風第25号までの一連の気象現象による災害」（仮称）に対して、「大規模災害時の災害査定の効率化」を適用した。激甚災害への指定が事前公表されたことに伴うもの。激甚災害への指定は、もともと「令和8年梅雨前線豪雨」と「令和8年8月千葉豪雨」（ともに仮称）に対して事前公表がなされており、これらに沿って農林水産省でも「大規模災害時の災害査定の効率化」を適用してきた。今回は「台風25号被害」までを含め、激甚災害指定の対象を拡大したことに伴い、「大規模災害時の災害査定の効率化」も対象を拡大することとした。
激甚災害制度は、災害復旧費用が「一定の基準」を超える場合に発動される。指定には、全国的に大きな被害が発生した「災害」を指定する場合（本激）と、局地的な災害によって復旧費用が必要になった「市町村」を指定する場合とがあって、激甚災害（本激）は前者。指定されると、農地、農業用施設、農業共同利用施設などの災害復旧事業に対する国からの補助率が嵩上げされる。
「災害査定の効率化」は、①机上査定（本来は現地調査が必要な災害査定を、書類のみで査定する）の上限額を引き上げ、②採択保留（事業費の決定見込額が一定以上になった場合に、採択を地方出先機関ではなく本省で行う）の上限額を引き上げるもの。例えば机上査定の上限額が「500万円未満」の場合、査定見込み件数の概ね7割（農地・農業用施設は9割）までの額を適用できる。採択保留の上限額が「2億円以上」の場合、2億円を超え採択保留された件数の概ね6割までの額を適用できる。さらに③査定設計書に添付する図面などを簡素化（設計図書の作成の際、航空写真や代表断面図などを活用する）。
対象地域は、「農林水産省に対する被害報告における被災箇所数が、過去5か年の平均被災箇所数を超えた区域」で、具体的には10月8日時点で以下の通り（下線が今回拡充した対象）。
〈農地〉北海道、青森、秋田、山形、福島、茨城、栃木、群馬、千葉、神奈川、新潟、富山、石川、福井、岐阜、三重、滋賀、京都、大阪、兵庫、奈良、和歌山、鳥取、岡山、広島、徳島、香川、愛媛、高知、福岡、佐賀、長崎、熊本、大分、鹿児島
〈農業用施設〉青森、秋田、山形、茨城、栃木、群馬、千葉、神奈川、新潟、富山、石川、福井、岐阜、三重、滋賀、大阪、兵庫、奈良、和歌山、島根、岡山、広島、山口、徳島、香川、愛媛、福岡、佐賀、長崎、熊本、大分、宮崎、鹿児島
〈林道〉北海道、青森、岩手、秋田、山形、福島、茨城、千葉、新潟、富山、石川、福井、長野、岐阜、三重、京都、兵庫、奈良、和歌山、島根、広島、山口、徳島、香川、愛媛、福岡、佐賀、長崎、熊本、大分
〈農林水産業共同利用施設（農業関係）〉千葉、岐阜、三重、広島、宮崎、鹿児島、沖縄
〈農林水産業共同利用施設（水産関係）〉茨城、千葉、神奈川
〈海岸（農業関係）〉三重、香川、高知
〈林地荒廃防止施設〉千葉、神奈川、長野、三重、滋賀、広島、長崎、熊本、宮崎、沖縄
〈地すべり防止施設（農業関係）〉新潟、石川、徳島、佐賀
〈漁港〉千葉、東京、和歌山、香川、沖縄
なお農林水産省の公表によると、農林水産関係被害は、総額「621億3千万円＋α」にのぼっており、内訳は以下の通り。
「令和8年8月千葉豪雨」（10月8日午後2時現在）82億7千万円
「8月27日からの大雨」（10月8日午後2時現在）329億7千万円
「令和8年台風24号と前線による大雨」（10月5日午後2時現在）未公表
「令和8年台風25号」（10月9日午前11時現在）208億9千万円
また最も多くの被害を被ったとみられる千葉県の発表によると、対象の全災害あわせた農林水産関係被害は10月6日正午時点で総額146億7,800万5千円にのぼっており、実に全国被害額の4分1近くを千葉県が被っていることになる。なお千葉県の被害のうち水稲被害は3,904.21ha、7億7,699万0千円で、被害面積は県全体の水田面積の5.5%にあたる。